Jego badania naukowe koncentrują się głównie wokół dziejów polskiego średniowiecza, widzianych przede wszystkim w aspekcie kościelno-religijnym i kulturowym. Szczególnym zainteresowaniem darzy trzy dziedziny badań: 1) historię Kościoła polskiego w wiekach X–XIII, w tym problematykę zakonów oraz relacji Polski z papiestwem; 2) historię religijności średniowiecznej w Polsce (badania wybranych kultów religijnych, w pierwszym rzędzie kultów patronów Polski, oraz niektórych aspektów chrystianizacji społeczeństwa polskiego we wczesnym średniowieczu); 3) historię polskiej historiografii średniowiecznej (głównie historia idei, wyobrażeń i symboli obecnych w tym nurcie piśmiennictwa).

Dodatkowe informacje:
Wikipedia: Czesław Deptuła